中国南方航空海南分公司前身为原南方航空公司海南分公司和北方航空三亚有限公司。
1992年8月17日，中国南方航空海南分公司在海口成立，这也是南航设立的第四家分公司；
1994年8月，原中国北方航空公司与三亚市政府等共同组建的北方航空三亚有限公司三亚成立；
2002年，民航行业重组，中国南方航空与中国北方航空合并后，原北方航空三亚有限公司于2004年更名为中国南方航空集团海南有限公司；
2006年6月19日，南航海南分公司与南航集团海南有限公司重新整合，成立了新的中国南方航空海南分公司。


近期机队消息：
2018年12月3日，一架空客A320客机改由黑龙江分公司执管，注册号：B-8339
2018年12月3日，新增执管一架空客A320客机，注册号：B-6976
2018年11月19日，一架空客A320客机改由黑龙江分公司执管，注册号：B-8546
2018年11月19日，新增执管一架空客A321客机，注册号：B-6271
2018年10月3日，新增执管一架空客A320客机，注册号：B-6270
2018年4月1日，新增执管一架空客A321客机，注册号：B-6663
2018年4月1日，新增执管一架空客A320客机，注册号：B-6975
2018年3月31日，一架空客A321客机改由上海分公司执管，注册号：B-8548
2018年2月28日，一架空客A321客机改由上海分公司执管，注册号：B-8641
2018年2月28日，新增执管一架空客A321客机，注册号：B-6662
2018年2月1日，一架空客A321客机改由上海分公司执管，注册号：B-8640
2018年2月1日，新增执管一架空客A321客机，注册号：B-6622
2018年1月30日，引进一架空客A321客机，注册号：B-8900

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当前执管飞机情况

机型	小计	飞机编号
A320-200(C)	3	8341 8357 8547
A320-200(V)	11	1696 1805 6575 6577 6582 6588 6627 6651 6653 6975 6976
A321-200(C)	11	6622 6662 6663 8425 8423 8638 8639 8675 8676 8677 8900
A321-200(V)	11	1605 1625 1650 1832 1847 1848 6270 6271 6389 6397 6626
合计	36